Анатолий Иванович Колков был не только учёным-практиком, но и философом, посвятившим многие годы изучению гармонического развития систем. Главным итогом этой работы стал его одноимённый труд «Гармоническое развитие систем», изданный в 2007 году. В нём автор не ограничивается отвлечёнными рассуждениями о гармонии, а проверяет её законы с помощью математического аппарата и анализа самых разных явлений — от музыки до структуры почв. Прослеживая развитие представлений о гармонии от древнегреческих мыслителей до учёных XX века, Анатолий Иванович показывает, что гармония — это не просто соотношение порядка и хаоса, а фундаментальное условие устойчивости любой системы. Именно устойчивость определяет, насколько долго система способна сохранять себя, в какой момент начинается её разрушение и почему после кризиса она вновь стремится к равновесию и наиболее совершенным пропорциям, выражением которых становится золотое сечение.